Problem je v zavadeci LILO - je ho potreba jen dobre nastavit.
Ja mam SCSI disk a IDE disky. V BIOSu je nastaven start ze SCSI. V
/etc/lilo.conf mam:

boot=/dev/sda
map=/boot/map
install=/boot/boot.b
prompt
timeout=50
linear
message=/boot/message
default=2.2.19
append="ide0=ata66 ide1=ata66"

disk=/dev/sda
  bios=0x80
disk=/dev/hda
  bios=0x81

image=/boot/vmlinuz-2.4.3-12
        label=Upd2.4.3-12 
        initrd=/boot/initrd-2.4.3-12.img
        read-only
        root=/dev/sda1


Dulezity je radek s boot= a pak radky okolo disk= (tim se zameni poradi
disku IDE <-> SCSI). Vice viz. maual k LILO (a dalsi subory v tom
adresari):

/usr/share/doc/lilo-21.4.4/README

Po zmene /etc/lilo/conf nezapomente (krome zalohy originalniho souboru) na
to, ze musite spustit znovu lilo (/sbin/lilo).