Real-time visualization of protein empty space with varying parameters

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Fakultu informatiky. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Autoři

STRNAD Ondřej ŠUSTR Vilém KOZLÍKOVÁ Barbora SOCHOR Jiří

Rok publikování 2013
Druh Článek ve sborníku
Konference Proceedings of Biotechno
Fakulta / Pracoviště MU

Fakulta informatiky

Citace
Obor Informatika
Klíčová slova protein; empty space; void; visualization; real-time; cavity
Popis Zkoumání volného prostoru uvnitř proteinových struktur je jednou ze základních disciplín proteinového inženýrství a návrhu nových léčiv. Takovýto volný prostor hraje důležitou úlohu při mutacích proteinu. Jeho důležitost je rovněž založena na schopnosti absorbovat malou molekulu ligandu, která může reagovat s proteinem. Produkt takové reakce může tvořit základ nového léčiva. Bylo publikováno mnoho algoritmů pro výpočet volných míst uvnitř molekul a relevance výsledků byla vyhodnocena a potvrzena přímo proteinovými inženýry. Avšak ne každá spočtená dutina je vhodná pro akceptaci ligandu. Proto je za tímto účelem nutné provést vyhodnocení každé dutiny. V této fázi je nezbytnou součástí zobrazení všech dutin, které podstatně urychluje proces jejich evaluace. Tento článek představuje nový algoritmus pro vizualizaci a následné vyhodnocení dutin v reálném čase. Tento přístup řízený uživatelem umožňuje okamžitě spočítat a zobrazit volný prostor v proteinu, který vyhovuje vstupním parametrům. Tyto parametry obsahují zejména nastavení minimální šířky volného prostoru. Hodnoty vstupních parametrů mohou být kdykoliv změněny a změny jsou okamžitě promítnuty do zobrazení, které je ihned připraveno k dalšímu prozkoumání.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.