Informace o projektu
ELIXIR-CZ: Budování kapacit
(ELIXIR-CZ)
- Kód projektu
- CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_013/0001777 (kod CEP: EF16_013/0001777)
- Období řešení
- 5/2017 - 4/2021
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- OP Výzkum, vývoj a vzdělávání (OP VVV)
- PO 1 Posilování kapacit pro kvalitní výzkum
- Fakulta / Pracoviště MU
- Ústav výpočetní techniky
- Další fakulta/pracoviště MU
-
Středoevropský technologický institut
- doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D.
- doc. RNDr. Karel Berka, Ph.D.
- Mgr. Romana Gáborová
- Mgr. Veronika Horská
- Mgr. Vladimír Horský, Ph.D.
- Mgr. et Mgr. Adam Midlik, Ph.D.
- Mgr. Marian Novotný, Ph.D.
- RNDr. David Sehnal, Ph.D.
- Spolupracující organizace
-
Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.
CESNET z.s.p.o.
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze
Biologické centrum AV ČR, v. v. i.
Biotechnologický ústav AV ČR, v.v.i.
Primárním cílem projektu ELIXIR-CZ: Budování kapacit je pořízení a správa výpočetních a úložných kapacit a odpovídajícího programového zázemí výzkumné infrastruktury ELIXIR CZ. Pravidelnými každoročními investicemi bude vytvořeno technické i programové zázemí, určené specificky pro výzkumnou komunitu věd o živé přírodě v rámci ČR. Tato e-infrastruktura rovněž podpoří zapojení ČR do mezinárodních aktivit, a to jak v projektu ELIXIR EXCELERATE, tak v celé řadě implementačních a pilotních aktivit mezinárodní komunity ELIXIR. Souběžným cílem bude podpora a realizace tří tzv. in house podprojektů, z nichž jeden je zakotven na MU (CEITEC), další dva pak v partnerských organizacích (Biologické centrum. Biotechnologický a Mikrobiologický ústav AV ČR a VŠCHT. V rámci těchto projektů bude probíhat výzkum na jedné straně dále rozvíjející vlastní infrastrukturu ELIIXIR-CZ. Současně i demonstrující její přínos při podpoře vlastního výzkumu. Konkrétně takto budou podpořeny podprojekty Annotation and validation of macromolecular structure in PDB and EMDB archives, Implementace analýz dlouhých sekvenačních čtení do bioinformatického nástroje RepeatExplorer a jejich aplikace na strukturní analýzu vysoce repetitivních oblastí genomů rostlin (BC) a Platforma pro analýzu strukturně funkčních vztahů nukleových kyselin (VŠCHT, BTÚ a MBÚ).
Publikace
Počet publikací: 16
2021
-
2DProts: database of family-wide protein secondary structure diagrams
Bioinformatics, rok: 2021, ročník: 37, vydání: 23, DOI
-
CATH: increased structural coverage of functional space
Nucleic Acids Research, rok: 2021, ročník: 49, vydání: D1, DOI
-
Mol* Viewer: modern web app for 3D visualization and analysis of large biomolecular structures
Nucleic acids research, rok: 2021, ročník: 49, vydání: W1, DOI
-
Uncovering of cytochrome P450 anatomy by SecStrAnnotator
Nature Scientific Reports, rok: 2021, ročník: 11, vydání: 1, DOI
2020
-
Atomic Charge Calculator II: web-based tool for the calculation of partial atomic charges
Nucleic acids research, rok: 2020, ročník: 48, vydání: W1, DOI
-
BinaryCIF and CIFTools-Lightweight, efficient and extensible macromolecular data management
PLoS Computational Biology, rok: 2020, ročník: 16, vydání: 10, DOI
-
High-performance macromolecular data delivery and visualization for the web
Acta Crystallographica Section D: Structural Biology, rok: 2020, ročník: 76, vydání: December 2020, DOI
-
PDBe: improved findability of macromolecular structure data in the PDB
Nucleic acids research, rok: 2020, ročník: 48, vydání: D1, DOI
-
PDBe-KB: a community-driven resource for structural and functional annotations
Nucleic acids research, rok: 2020, ročník: 48, vydání: D1, DOI
-
Visualization and Analysis of Protein Structures with LiteMol Suite
STRUCTURAL BIOINFORMATICS: METHODS AND PROTOCOLS, rok: 2020, počet stran: 13 s.