Filozofická fakulta patří mezi zakládající fakulty druhé české univerzity, o jejíž vznik se významně zasloužil první prezident mladé československé republiky. Právě po něm dostala i své jméno – Masarykova univerzita.
Tomáš Garrigue Masaryk již od osmdesátých let 19. století zdůrazňoval potřebu co nejširší konkurence ve vědeckém životě a upozorňoval na fakt, že jediná tehdejší česká univerzita nutně potřebuje ke svému rozvoji konkurentku v národním rámci. Snaha prosadit zřízení druhé české univerzity se na dlouhá léta stala jednou z priorit jeho politické činnosti. Filozofická fakulta tak jako součást Masarykovy univerzity dostala do vínku úkol stát se druhým ohniskem národní vzdělanosti a osvěty. Slovy pamětní zakládací listiny z roku 1919, aby „žila, mohutněla a kvetla v ušlechtilém závodění se starší sestrou pražskou“.
Fakulta se otevřela studentům dva roky po založení univerzity, v roce 1921. Do prvního ročníku nastoupilo 128 posluchačů, kteří si mohli vybírat z několika oborů. Jednalo se zejména o tradiční disciplíny, především historii, filozofii a klasickou filologii, dále potom filologii slovanskou, germánskou a románskou. Studenti se ale zapisovali také ke studiu oborů, které v tehdejším univerzitním prostředí představovaly nové směry výzkumu – sociologie, psychologie, dějin umění, hudební vědy nebo pedagogiky. Toto propojování tradic s inovacemi, a to nejen ve skladbě oborů, přetrvává na fakultě dosud. S tím rozdílem, že dnešní studenti si mohou vybírat již z desítek oborů v bakalářském i magisterském studiu.
Už od dvacátých let budovala FF MU, stejně jako celá univerzita, své pevné a nepřehlédnutelné místo ve vědeckém, kulturním a společenském životě země. Reprezentantem moderního a sebevědomého směřování fakulty se stal Arne Novák (1880–1939), profesor FF MU v oboru Česká literatura, v letech 1924–1925 děkan fakulty a v letech 1938–1939 rektor MU. Julius Heidenreich o něm napsal: „V něm a skrze něho se stávalo Brno samostatným literárně-uměleckým ohniskem a sebevědomým střediskem, pohlížejícím kriticky na všecek duchovní vývoj u nás.“
Jako děkan fakulty v roce 1925 Novák aktivně podpořil udělení prvního čestného doktorátu, a to hudebnímu skladateli Leoši Janáčkovi, jehož si nesmírně vážil. Janáček měl k FF MU a Masarykově univerzitě vřelý vztah. Prokázal jej nejen svými skladbami (Sonátou 1. 10. 1905, věnovanou boji za českou univerzitu v Brně, a kantátou pro slavnostní kladení základního kamene k budově Právnické fakulty), ale také velkorysým odkazem ve prospěch Filozofické fakulty MU. Ve třicátých letech se Masarykova univerzita stala držitelem autorských práv hudební a literární tvorby Janáčkovy. O Janáčkův umělecký odkaz ostatně Filozofická fakulta pečuje dodnes.
Na fakultě však působily v období mezi dvěma světovými válkami i další výrazné osobnosti, které se zasloužily o rozvoj oborů a dosáhly i světového věhlasu. Za všechny můžeme jmenovat profesora Semináře slovanské filologie Romana Jakobsona (1888–1969), lingvistu světového formátu, který byl v Brně habilitován pro obor ruská filologie a v roce 1937 jmenován mimořádným profesorem. Během svého pobytu na FF MU vedl přednášky z ruské filologie i morfologie, kurzy o ruském verši, o Puškinově epice i z dějin česko-ruských kulturních vztahů.
Univerzita se ocitla ve velkém nebezpečí na konci třicátých let, když byla, stejně jako ostatní české vysoké školy, nacistickými okupanty 17. listopadu 1939 uzavřena. Podle interního pokynu říšského protektora se na brněnskou univerzitu mělo pohlížet tak, jako by neexistovala. Praxe tomu skutečně odpovídala. Škody, které fakulta utrpěla během válečných let, byly nezměrné a nenahraditelné. Daleko tíživější než velké škody materiální však byly ztráty mezi profesory a dalšími zaměstnanci univerzity způsobené přímou nacistickou perzekucí.
Fakulta se může pyšnit tím, že v řadách jejích pedagogů i studentů byli lidé, kteří vzdorovali okupantům a byli ochotni položit život za hodnoty demokracie a lidských práv.
Po skončení 2. světové války se fakulta pokusila navázat na předválečné období. Vzhledem k válečným ztrátám výrazných osobností akademické obce i k proměně politického zřízení po roce 1948 se ale nejednalo o snadný úkol.
Změna názvu univerzity měla symbolizovat odklon od hodnot a demokratického étosu samostatného československého státu. Do šedesátých let vstupuje už nikoliv jako Masarykova, nýbrž jako Univerzita Jana Evangelisty Purkyně v Brně.
Za komunistického režimu se mohly rozvíjet především obory, které příliš neohrožovaly stranickou ideologii a přitom spoluvytvářely iluzi, že i v rámci „reálného socialismu“ je možné dosahovat vynikajících badatelských výsledků. Mezi takové obory patřila například archeologie. Šťastnější období v historii univerzity představovala až druhá polovina 60. let, kdy uvolnění politických poměrů vytvářelo příznivější podmínky pro vědeckou i pedagogickou práci.
V této době také s fakultou udržoval kontakty Jan Patočka, který v letech 1966–1968 přednášel na Katedře filozofie. Tehdy byl podán i návrh na jeho jmenování profesorem a z dochované korespondence dokonce vyplývá, že Patočka uvažoval o přestěhování do Brna. Tento významný filozof a pozdější spoluzakladatel Charty 77 na FF MU nejen vyučoval, ale vedl také přednášky pro Jednotu filozofickou a publikoval články ve fakultním Sborníku prací FFBU, které připsal svému brněnskému příteli, profesoru Václavu Richtrovi.
V pátek večer 17. listopadu 1989 došlo v Praze k zásahu komunistického režimu proti studentské demonstraci, na filozofické fakultě v Brně studenti vyhlásili stávku hned v pondělí ráno. Ve 13 hodin již na dvoře fakulty proběhla schůze s velkou účastí členů akademické obce. Ozvučení bylo zajištěno z knihovny, řečníci mluvili z okna tehdejšího knihovního skladu (přístavba do dvora vstupní budovy). Zde bylo také oznámeno složení stávkového výboru: kromě pětice studentů – Igora Fice, Jaroslava Hubaty, Jana Sládka, Romana Švandy a Jiřího Voráče – jej tvořili i pedagogové. Zdenka Rusínová a Dušan Šlosar z katedry českého jazyka, Jana Jelínková z rusistiky a Miroslav Pospíšil z anglistiky.
Univerzita v roce 1990 opět přijímá jméno T. G. Masaryka. Návrat k původnímu názvu znamená symbolické navázání na prvorepublikové kořeny univerzity, ale také návrat těch pedagogů, kteří nemohli v předchozím období na fakultě působit, i návrat k pedagogické činnosti těch, kteří měli povolenou jen odbornou činnost. Vrací se akademické svobody a s nimi i rozvoj vzdělávání i vědeckého bádání v mezinárodním kontextu.
FF MU dnes představuje dynamickou vysokoškolskou instituci humanitního typu nabízející vzdělání v desítkách humanitních a společenskovědních oborů. Počtem zapsaných studentů je největší fakultou Masarykovy univerzity, podle statistiky ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy také největší filozofickou fakultou v České republice.
Fakulta disponuje kvalitními výzkumnými týmy, které se podílely na prestižních grantových výzvách a jsou zapojené do rozsáhlé sítě partnerských institucí v České republice i v zahraničí. Výrazně se zlepšily také prostorové a materiální podmínky pro rozvoj vědy a výzkumu humanitních věd na FF MU. Od roku 1921, kdy začala výuka v budově bývalého chlapeckého sirotčince (nynější budova A v ulici Arna Nováka), vzniklo v těchto místech pomyslné „srdce“ fakulty – centrum složené z dalších dvou budov a moderní oceňované knihovny. Některá fakultní pracoviště se přesunula do vlastních budov v bezprostředním okolí v centru města.
„Škola Komenského byla oficina humanitatis; škola nepěstí člověka jen individuálně, ale i kolektivně, vychovává ho pro společnost, pro demokracii.“
Tomáš Garrigue Masaryk