CaverDock 1.0

Varování

Publikace nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Ústav výpočetní techniky. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Autoři	FILIPOVIČ Jiří VÁVRA Ondřej PLHÁK Jan BEDNÁŘ David MARQUES Sérgio Manuel BREZOVSKÝ Jan MATYSKA Luděk DAMBORSKÝ Jiří
Rok publikování	2017
Druh	Software
Fakulta / Pracoviště MU	Ústav výpočetní techniky
www	https://loschmidt.chemi.muni.cz/caverdock/
Popis	CaverDock je softwareový nástroj pro rychlou analýzu transportních procesů v proteinech. Modeluje transport ligandu - substrátu, produktu, inhibitoru, ko-factoru či ko-solventu - z vnějšího prostředí do aktivního/vazebného místa v proteinu či opačným směrem. Vstupem pro výpočet jsou struktury proteinu a ligandu v PDBQT formátu. Výstupem je trajektorie ligandu a energetický profil. CaverDock implementuje zcela nový algoritmus založený na molekulovém dockingu, který je schopen vypočítat souvislou trajektorii ligandu a odhadnout energii jeho transportu. Současná verze CaverDocku používá CAVER pro identifikaci cesty v proteinu a výrazně modifikovaný AutoDock Vina jako dokovací engine. Nástroj je mnohem rychlejší než simulace pomocí molekulové dynamiky (2-20min na úlohu), což jej činní vhodný pro virtuální screening. Software je velmi jednoduchý na použití, jelikož v minimalistické konfiguraci vyžaduje pouze nastavení pro AutoDock Vina a geometrii tunelu.
Související projekty:	Pokročilé hybridní metody studia transportních procesů v proteinech a jejich využití v designu biokatalyzátorů