Genome assembly and annotation for red clover (Trifolium pratense; Fabaceae)

Varování

Publikace nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

IŠTVÁNEK Jan JAROŠ Michal KŘENEK Aleš ŘEPKOVÁ Jana

Rok publikování 2014
Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj American Journal of Botany
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
Doi http://dx.doi.org/10.3732/ajb.1300340
Obor Genetika a molekulární biologie
Klíčová slova assessment of assembly software; de novo assembly; Fabaceae; genome annotation; red clover; Trifolium pratense
Popis Jetel luční (Trifolium pratense ) je důležitá pícnina ze skupiny leguminóz, s velkým významem pro zemědělství a výživu zvířat. Skládání sekvencí jeho genomu střední velikosti je důležitým úkolem z hlediska nalezení vhodného softwaru a hardwaru. Technika sekvenování nové generace umožňuje tvorbu velkého množství sekvenačních dat za nízkou cenu. V této práce jsou prezentovány výsledky skládání genomu jetele lučního a charakteristiky tohoto genomu. Software pro assembly byl hodnocen pomocí dat z blízce příbuzného druhu s cílem najít nejlepší kombinaci assembleru a programu pro korekci chyb. Nově osekvenovaný genom jetele lučního byl charakterizován z hlediska obsahu repeticí, počtu genů kódujících proteiny a nekódujících genů, genových rodin a jejich funkcí. Charakteristiky genomu byly porovnány s dalšími osekvenovanými genomy rostlin. Abyss a Echo byly využity pro de novo assembly genomu jetele lučního, která zahrnuje ~314.6 Mbp. Na rozdíl od jiných leguminóz s porovnatelnými genomy, obsahuje genom jetele lučního velký podíl repeticí a více retrotranspozonů a DNA transpozonů. Celkem bylo anotováno 47 398 genů kódujících proteiny z 64 761 predikovaných genů. Srovnávací analýza identifikovala několik genových rodin, které jsou characteristické pro T. pratense. Byly identifikovány geny rezistence, geny pro leghemoglobin a pro specifické peptidy hlízek. Genomická data jetele lučního jsou zdrojem pro zlepšování genomu prostřednictvím molekulárního šlechtění a pro srovnání s dalšími osekvenovanými druhy rostlin.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.