chromDraw: an R package for visualization of linear and circular karyotypes

Logo poskytovatele
Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Středoevropský technologický institut. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Název česky chromDraw: R balíček pro lineární a církulární vizualizaci karyotypů
Autoři

JANEČKA Jan LYSÁK Martin

Rok publikování 2016
Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj Chromosome Research
Fakulta / Pracoviště MU

Středoevropský technologický institut

Citace
www http://link.springer.com/article/10.1007/s10577-015-9513-5
Doi http://dx.doi.org/10.1007/s10577-015-9513-5
Obor Biochemie
Klíčová slova Visualization; Chromosome; Karyotype; R
Popis Species-specific sets of chromosomes-karyotypes-are traditionally depicted as linear ideograms with individual chromosomes represented by vertical bars. However, linear visualization has its limitations when the shared collinearity and/or chromosomal rearrangements differentiating two or more karyotypes need to be demonstrated. In these instances, circular visualization might provide easier comprehension and interpretation of inter-species chromosomal collinearity. The chromDraw graphical tool was developed as a user-friendly graphical tool for visualizing both linear and circular karyotypes based on the same input data matrix. The output graphics, saved in two different formats (EPS and SVG), can be easily imported to and modified in presentation and image-editing computer programs. The tool is freely distributed under GNU General Public License (GPL) and can be installed from Bioconductor or from the chromDraw home page.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.