Gene classification and mining of molecular markers useful in red clover (Trifolium pratense) breeding

Varování

Publikace nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Název česky Klasifikace a validace molekulárních markerů využitelných ve šlechtění jetele lučního (Trifolium pratense)
Autoři

IŠTVÁNEK Jan DLUHOŠOVÁ Jana DLUHOŠ Petr PÁTKOVÁ Lenka NEDĚLNÍK Jan ŘEPKOVÁ Jana

Rok publikování 2017
Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj Frontiers in Plant Science
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
www http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fpls.2017.00367/full
Doi http://dx.doi.org/10.3389/fpls.2017.00367
Obor Genetika a molekulární biologie
Klíčová slova biosynthetic pathways; genetic diversity; sequencing; SNP; specific genes; SSR
Popis Jetel luční (Trifolium pratense) je významná pícnina. Tato práce přináši rozšíření poznatků o kódujících sekvencích jetele lučního s perspektivou jejich dalšího využití. Celkem bylo charakterizováno 42 996 genů prostřednictvím sekvenování nové generace Illumina a po manuální revizi anotace pomocí Blast2GO. 7 517 genů bylo klasifikováno do metabolických a biosyntetických drah podle biologických procesů. Bylo identifikování 6 749 potenciálních microsatelitních lokusů v kódujících sekvencích jetele lučního a characterizováno 4 005 potenciálních SSR (simple sequence repeat) markerů s PCR produkty o předpokládané délce 100–350 bp. Hustota markerů byla určena na 1 SSR marker na 12,39 kbp. Dále bylo identifikováno 343 027 SNP (single nucleotide polymorphism) markerů, s hustotou 1 SNP marker na 144,6 bp. 95 SSR v kódujících sekvencích bylo analyzováno pro 50 odrůd jetele lučního a bylo získáno 22 vysoce polymorfních markerů s PIC (pooled polymorphism information content) > 0,9. 8 623 SNP bylo využito pro hodnocení polymorfismu individuálních rostlin a hodnoty PIC se pohybovaly od 0 do 0,375. Byla vypracovány temperature switch PCR pro genotypování konkrétních SNP v cílových genech a byla určena homozygotní nebo heterozygotní konstituce pěti lokusů. Vytvořené sady SSR a SNP markerů pro celý genom jsou klíčové pro další rozpracování šlechtitelských postupů s využitím genotypování, pro identifikaci genů konkrétních významných znaků a pro asociační studie na celogenomové úrovni.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.