CaverDock: A Novel Method for the Fast Analysis of Ligand Transport

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Ústav výpočetní techniky. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Název česky CaverDock: nová metoda pro rychlou analýzu transportu ligandu
Autoři

FILIPOVIČ Jiří VÁVRA Ondřej PLHÁK Jan BEDNÁŘ David MARQUES Sérgio Manuel BREZOVSKÝ Jan MATYSKA Luděk DAMBORSKÝ Jiří

Rok publikování 2020
Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics
Fakulta / Pracoviště MU

Ústav výpočetní techniky

Citace
www URL
Doi http://dx.doi.org/10.1109/TCBB.2019.2907492
Klíčová slova molecular docking; tunnel analysis; ligand transport; drug design; numerical optimization; restrained force field; volume discretization
Popis Prezentujeme novou metodu pro analýzu transportních procesů v proteinech a její implementaci jménem CaverDock. Naše metoda je založena na modifikovaném algoritmu molekulového dokingu. Metoda spočívá v iterativním umísťování ligandu v přístupovém tunelu tak, že je pohyb ligandu souvislý a jeho energie minimalizovaná. Výsledkem výpočtu CaverDocku je trajektorie ligandu a energetický profil jeho transportu. CaverDock využívá modifikovaný program pro doking AutoDock Vina a implementuje paralelní heuristický algoritmus pro prohledávání prostoru možných trajektorií. Naše metoda leží mezi geometrickými přístupy a molekulovou dynamikou. Na rozdíl od geometrických metod poskytuje chemické síly. Je nicméně méně výpočetně náročná a jednodušší k nastavení než simulace založené na molekulové dynamice. CaverDock najde široké využití v oblasti výpočetní enzymologie, návrhu léčiv a proteinového inženýrství. Software je k dispozici zdarma pro akademické účely na https://loschmidt.chemi.muni.cz/caverdock/.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.