Globální analýza NF-κB proteinových komplexů v modelu luminálních A nádorů prsu pomocí SEC-LC-MS/MS

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

LAPČÍK Petr POTĚŠIL David BOUCHAL Pavel

Rok publikování 2019
Druh Konferenční abstrakty
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
Popis Rodina transkripčních faktorů NF-?B hraje zásadní úlohu při regulaci imunitní odpovědi, angiogeneze, proliferace a buněčné smrti. V naší předchozí práci jsme identifikovali panel proteinů NF-?B dráhy související s metastazováním do lymfatických uzlin u luminálních A nádorů prsu [1]. Inhibice NF-?B tak hypoteticky představuje anti-metastatický terapeutický přístup pro tuto skupinu nádorů. Členové NF-?B dráhy formují homo- či heterodimerní komplexy, které jsou modulovány v závislosti na stavu aktivace NF-?B dráhy. Analýza celkového interaktomu v odpovědi na modulaci NF-?B dráhy ve vhodném buněčném modelu tak představuje zcela nový přístup k detailnímu objasnění úlohy NF-?B komplexů ve vztahu k metastazování. Pro analýzu složení proteinových komplexů NF-kB dráhy jsme adaptovali techniku založenou na kombinaci gelové permeační chromatografie proteinů (SEC) nativně izolovaných z nádorové buněčné linie MCF-7, jejich proteolytickém štěpení a LC-MS/MS analýze peptidů na hmotnostním spektrometru Impact II (Bruker) ([2] s modifikacemi). Pomocí software MaxQuant bylo ve 34 proteinových frakcích identifikováno 4762 proteinových skupin reprezentovaných 38983 peptidy (FDR=0.01). Relativní kvantifikace metodou „spectral counting“ ukázala přítomnost řady proteinů NF-?B komplexů ve frakcích odpovídajících molekulovým hmotnostem >600 kDa, což ukazuje na jejich úspěšnou identifikaci v nativních proteinových komplexech. Jedná se o proteiny kanonické NF-?B dráhy - centrální transkripční regulátor NF-?B dráhy p65/RELA, protoonkogen c-Rel, NF-?B faktor p105 a jeho aktivní formu p50, dále přirozené NF-?B inhibitory IkB-beta a IkB-epsilon a dále o protein nekanonické NF-?B dráhy p100 a jeho aktivní formu p52. Mapování NF-?B komplexů v globálním kontextu interaktomu a pochopení perturbací NF-?B komplexů v odpovědi na biologické stimuly umožní odhalit nové funkční vztahy NF-?B faktorů, které povedou k objasnění a lepšímu pochopení prometastatických dějů řízených NF-?B dráhou u luminálních A nádorů prsu. Reference: [1] Bouchal, P. et al., Mol Cell Proteomics, 2015, 14(7):1814-30. [2] Kristensen, A.R. et al.,Nat Methods, 2012, 9(9):907-9.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.