Implementing efficient concerted rotations using Mathematica and C code

Logo poskytovatele
Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Filozofickou fakultu, ale pod Středoevropský technologický institut. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Autoři

TUBIANA L. JURÁSEK Miroslav COLUZZA I.

Rok publikování 2018
Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj EUROPEAN PHYSICAL JOURNAL E
Fakulta / Pracoviště MU

Středoevropský technologický institut

Citace
Doi http://dx.doi.org/10.1140/epje/i2018-11694-7
Klíčová slova INTRINSICALLY UNSTRUCTURED PROTEINS; MONTE-CARLO SIMULATIONS; COARSE-GRAINED MODELS; MOLECULAR-DYNAMICS; SYSTEMS; ALGORITHM
Přiložené soubory
Popis In this article we demonstrate a general and efficient metaprogramming implementation of concerted rotations using Mathematica. Concerted rotations allow the movement of a fixed portion of a polymer backbone with fixed bending angles, like a protein, while maintaining the correct geometry of the backbone and the initial and final points of the portion fixed. Our implementation uses Mathematica to generate a C code which is then wrapped in a library by a Python script. The user can modify the Mathematica notebook to generate a set of concerted rotations suited for a particular backbone geometry, without having to write the C code himself. The resulting code is highly optimized, performing on the order of thousands of operations per second.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.